答：《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税[2017]37号）第二条规定，纳税人购进农产品,从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品除外。

《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税[2018]32号）规定，自2018年5月1日起纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%，纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，按照12%的扣除率计算进项税额。

所以，你公司购买农产品取得3%的增值税专用发票，不是按专用发票上注明的进项税额认证抵扣，而是按取得专用发票上注明的金额5000元和10%的扣除率计算进项税额进行抵扣。