答:《国家税务总局关于商业企业向货物供应方收取的部分费用征收流转税问题的通知》(国税发[2004]136号)规定,对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩(如以一定比例、金额、数量计算)的各种返还收入,均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金。商业企业向供货方收取的各种收入,一律不得开具增值税专用发票。其他增值税一般纳税人向供货方收取的各种收入的纳税处理,比照商业企业的规定执行。
所以,你公司作为采购方向供货方收取的与销售额挂钩的延期交货违约金应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金,你公司不能向供货方开具增值税专用发票,而应该由供货方向你公司开具红字增值税专用发票。