总公司和分公司分别位于不同的省，且总公司和分公司的企业所得税税率不同，怎么汇总缴纳企业所得税呢？

国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）第十八条规定，对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。

国家税务总局公告2012年第57号第六条和第十五条规定如下：

第六条  汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。

第十五条  总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

计算公式如下：

某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30

分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。

根据上述规定，跨省的总分公司企业所得税税率不同，汇总纳税时需要进行二次分配，为了易于理解具体如何二次分配，下面我们举例说明：

甲公司在北京注册成立，分公司A在拉萨注册成立，分公司B公司在山东青岛注册成立，甲公司总机构和分公司B的企业所得税税率为25%，分公司A的企业所得税执行西部大开发优惠税率15%；2017年分公司A的营业收入为1000万、职工薪酬为80万和资产总额2000万；2017年分公司B的营业收入为3000万、职工薪酬为220万和资产总额5000万；

2018年二季度：

分公司A的利润总额为40万元；分公司B的利润总额为100万元，甲公司的利润总额为1000万元。

总分公司二季度预缴企业所得税的计算如下：

1、分公司的分摊比例：

分公司A的分摊比例=（分公司A营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（分公司A职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（分公司A资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30=[1000/（1000+3000）×0.35+80/（80+220）×0.35+（2000／（2000+5000）×0.30]=0.266547619

分公司B的分摊比例=（分公司B营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（分公司B职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（分公司B资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30=[3000/（1000+3000）×0.35+220/（80+220）×0.35+（5000／（2000+5000）×0.30]=0.733452381

注：国家税务总局关于发布《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类，2018年版）》等报表的公告（国家税务总局公告2018年第26号）附件A202000《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》填报说明规定：“分配比例”（即分摊比例）填报分配比例应保留小数点后十位。

2、第一次分配应纳税所得额：

甲公司汇总总分公司应纳税所得额：1000+100+40=1140万元

甲公司总机构分配的应纳所得额=1140×50%=570万元

A分公司分配的应纳所得额=1140×50%×0.266547619=151.93万元

B分公司分配的应纳所得额=1140×50%×0.733452381=418.07万元

3、计算总分公司的应纳企业所得税：

甲公司总机构分配的企业所得税=570万元×25%=142.5万元

A分公司分配的企业所得税=151.93万元×15%=22.79万元

B分公司分配的企业所得税=418.07万元×25%=104.52万元

总分公司应纳企业所得税总额=142.5万元+22.79万元+104.52万元=269.81万元

4、第二次分配应纳企业所得税：

甲公司总机构分配的应纳企业所得税=269.81×50%=134.90万元

A分公司分配的应纳企业所得税=269.81×50%×0.266547619=35.96万元

B分公司分配的应纳企业所得税=269.81×50%×0.733452381=98.95万元

总分公司第一次分配后的各总分机构企业所得税和第二次分配后的各总分机构企业所得税进行比较：

从上表可知，经第二次分配后，税率高的甲公司总机构和B分公司的企业所得税分别减少了7.6万元和5.57万元，合计减少了13.17万元，而税率低的A分公司的企业所得税反而增加了13.17万元，但应交纳的企业所得税总额没有变化。