根据《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号)规定,购买方主管税务机关对认证发现的失控发票,应按照规定移交稽查部门组织协查。
这时有两种情况:
1. 属于销售方已申报并缴纳税款的,可由销售方主管税务机关出具书面证明,并通过协查系统回复购买方主管税务机关,该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。因此,纳税人正常经营且存在真实交易的,增值税发票被认定为失控发票,一方面应该按照要求将抵扣联原件报税务机关(如果已经申报抵扣的,还要将进项税额转出)。另一方面及时联系销货方,核实其造成发票失控的真正原因,如果属于税务机关责任以及技术性错误造成的,经税务机关相关流程核实后,将允许作为增值税进项税额的抵扣凭证;
2. 属于未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的,应督促其依法申报缴纳税款,经税务机关核实已申报并缴纳税款后,也将允许作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果发现销货方存在违规行为或拒不履行其纳税义务的,应主动向税务机关举报,协助税务机关追缴税款,维护自身的合法权益。